Các cơ quan, đơn vị trực thuộc gồm 02 hệ, 05 phòng, 11 khoa, 05 tiểu đoàn, 01 trung tâm huấn luyện thực hành:

Các Phòng, Ban chức năng

• Hệ đào tạo sau đại học: Đại tá, Tiến sĩ Bùi Công Hoan
• Hệ đào tạo quốc tế (Lào - Cam-pu-chia): Đại tá Khuất Minh Phương
• Phòng Chính trị: Đại tá, Thạc sĩ Nguyễn Văn Quý
• Phòng Đào tạo: Đại tá, Tiến sĩ Vũ Hồng Khanh
• Phòng Tham mưu - Hành chính: Thượng tá Phạm Văn Vọng
• Phòng Hậu cần: Thượng tá Đào Văn Vương
• Phòng Quản lý khoa học: Thượng tá, Tiến sĩ Đinh Vũ Thủy
• Ban Tài chính: Thượng tá Nguyễn Ngọc Anh
• Ban sau đại học: Thượng tá Đinh Mạnh Quân;
• Ban Khảo thí: Thượng tá, Tiến sĩ Phạm Tuấn Đợi

Các khoa đào tạo và nghiên cứu

• Khoa Biên phòng: Đại tá, Phó giáo sư, Tiến sĩ Ngô Hữu Thanh
• Khoa Trinh sát: Đại tá, Tiến sĩ Nhẫn
• Khoa Cửa khẩu: Đại tá, Tiến sĩ Cao Xuân Lý
• Khoa Quân sự: Đại tá, Tiến sĩ Hoàng Minh Dẫn
• Khoa Pháp luật: Đại tá, Tiến sĩ Lê Đình Quang
• Khoa Vũ thuật - Đặc nhiệm: Đại tá, Tiến sĩ Đinh Ngọc Hoà
• Khoa Chiến thuật: Đại tá, Tiến sĩ Trương Quang Tiến
• Khoa Mác - Lê-nin: Đại tá, Tiến sĩ Trần Trung Hải
• Khoa Công tác đảng, Công tác chính trị: Thượng tá, Tiến sĩ Nguyễn Trung Thanh
• Khoa Khoa học cơ bản: Đại tá, ThS Khuất Cao Khoa
• Khoa Phòng, Chống Ma túy và Tội phạm: Đại tá TS Nguyễn Ngọc Bằng

Đội ngũ cán bộ

Đội ngũ cán bộ giảng viên hiện tại có: 1 Giáo sư,16 Phó Giáo sư, 27 Tiến sĩ, 139 Thạc sĩ